できたヨーグルトは種菌にしたヨーグルトと同じものですか？

ヨーグルト

種菌のヨーグルトと全く同じとは限りません。

市販のヨーグルトには複数の乳酸菌が配合されています。
乳酸菌の種類や環境により増え方が異なりますので、種菌のヨーグルトと全く同じように発酵しているとは限りません。
また乳酸菌以外の成分が発酵により増えるということはありませんので、種菌のヨーグルトとは異なる味や食感になる場合があります。
いずれの場合も、牛乳が固まりヨーグルト状になっているようであれば乳酸菌は増えていますので、ヨーグルトの健康効果を期待できます。